با توجه به قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۲/ ۳/ ۱۴۰۰ مجلس شورای اسلامی که در تاریخ ۱۲/ ۳/ ۱۴۰۰ به تایید شورای نگهبان رسیده است، تکالیف و مقررات جدیدی برای هیات های حل اختلاف مالیاتی تبیین شده است. تاریخ شروع این قانون ۱۳/ ۱۰/ ۱۴۰۰ می باشد.
یکی از مهمترین تغییرات در قانون فوق الاشاره مربوط به ماده ۵۰ و بشرح ذیل است:
به موجب ماده ۵۰ قانون یاد شده ماده ۲۴۴ ق.م.م تغییر یافته و به قانون مالیات بر ارزش افزوده نیز تسری پیدا نموده است.
به موجب تبصره ۸ ماده ۵۰ به منظور اجرای عدالت و اصل استقلال و بیطرفی و رعایت حقوق شهروندی و نظارت مؤثر، سازمان امور مالیاتی مکلف است ساختار اداره هیأتهای حل اختلاف مالیاتی را بهصورت مستقل، تحت عنوان مرکز دادرسی مالیاتی در ساختار خود ذیل رئیس کل سازمان ایجاد نماید. واحدهای دادرسی مالیاتی در هر استان مستقل از اداره کل مالیاتی استان تشکیل میشود.
از این تاریخ سازمان امورمالیاتی برگذاری هیات های حل اختلاف مالیاتی را مطابق شیوه سابق متوقف نموده و هیات حل اختلاف مالیاتی بر اساس شیوه و قانون و مقررات جدید برگذار نکرده است.